Rumores do sobrenatural tomam conta da Academia Kamome, principalmente os “Sete Mistérios”. Um desses mistérios é a lenda de Hanako-san, o fantasma de uma jovem garota que reside no banheiro feminino do terceiro andar do antigo prédio da escola, e que dizem conceder qualquer desejo que seu invocador queira. A estudante do primeiro ano do ensino médio Nene Yashiro invoca corajosamente Hanako-san em desespero por amor, mas o Hanako que aparece diante dela é um garoto!
Depois que Hanako-kun afirma que não possui itens mágicos de utilidade, Nene tenta várias maneiras de ser notada por sua paixão. Com seu desespero atingindo o ápice, ela se mete em problemas após consumir uma escama de sereia, o que a transforma em um peixe. Hanako-kun a resgata, vinculando seus destinos no processo; em troca desse auxílio, Nene deve se tornar sua assistente. Agora envolvida no mundo sobrenatural, Nene logo descobre que há muito mais nos Sete Mistérios da escola do que simples rumores.