Punpun Onodera é um garoto normal de 11 anos vivendo no Japão. Hopelessmente idealista e romântico, Punpun começa a ver sua vida tomar um rumo sutil — embora ainda assim surpreendente — em direção à vida adulta quando conhece a nova garota de sua classe, Aiko Tanaka. É então que o garoto quieto aprende o quão volátil pode ser manter um relacionamento e as dificuldades crescentes de transitar de uma infância ingênua para uma vida adulta complicada. Quando seu pai agride sua mãe certa noite, Punpun percebe outra coisa: aqueles que ele admirava não eram tão impressionantes quanto ele pensava.
À medida que seus problemas aumentam, a postura antes tímida de Punpun se transforma em reclusão voluntária. Em vez de curá-lo de seus problemas e emoções conflitantes, isso apenas os intensifica, levando-o por um caminho sombrio da maturidade nesta sombria saga de amadurecimento.