Em 1999, um meteorito caiu na Antártida. O impacto derreteu a massa de gelo continental e elevou drasticamente o nível do mar, prejudicando o clima global e causando a morte de mais da metade da população mundial. Agora, em 2015, criaturas devastadoras de origem desconhecida — chamadas de Anjos — assolam o que resta do planeta.
Na fortemente fortificada cidade de Tóquio-3, Shinji Ikari, de 14 anos, está destinado a deter o avanço dos Anjos. Recrutado pela organização secreta de seu pai, a NERV, Shinji é designado como piloto de um Evangelion, um enorme androide bioorgânico criado exclusivamente para derrotar os Anjos.
De repente, com o peso do mundo sobre seus ombros, Shinji precisa encontrar coragem e determinação para lutar pelo futuro — e por si mesmo. Mas, à medida que os confrontos entre os Evangelions e os Anjos se tornam recorrentes, a verdade aterrorizante sobre o mundo é lentamente revelada.