Após a Segunda Guerra Mundial, o Comando Aliado no Japão desenvolveu uma nova agência para ajudar a combater o terrorismo e a violência na região do Pacífico. A agência foi composta por ninjas, que inicialmente tinham a missão de lidar com assuntos domésticos. Com o tempo, o programa evoluiu até sua forma atual, administrando 20 mil ninjas envolvidos em diversas operações nacionais e internacionais.
Um desses ninjas é Kudo. O jovem de dezessete anos, um estudante do ensino médio considerado um fracassado, está prestes a se tornar a próxima linha de defesa contra uma possível onda de assassinos estrangeiros que ameaça invadir Tóquio.
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