Milhares de anos atrás, existiam aqueles agraciados com o poder de Deus. Sua missão era destruir os males sombrios que espreitam na escuridão, conhecidos como "Akuma". Liderados pelo Conde do Milênio, os Akuma buscam destruir os fragmentos da "Innocence", as únicas armas capazes de ferir o Conde e seu exército, e provocar novamente o Grande Dilúvio ocorrido há cem anos.
Para impedir que essa tragédia aconteça, foi criada a Ordem Negra, uma organização dedicada a combater o Conde. Ela recruta Exorcistas, pessoas com a capacidade inata de sincronizar-se com a Innocence, para lutar contra os Akuma.
No final do século XIX, Allen Walker — um garoto de cabelos brancos armado com uma Innocence que assume a forma de todo o seu braço esquerdo e um olho amaldiçoado capaz de enxergar Akuma — é enviado para a Ordem Negra. Lá, Allen conhece diversos companheiros da organização: o temperamental Yuu Kanda, a bondosa Lenalee Lee e o alegre, porém misterioso, Lavi. Apesar de suas personalidades distintas, todos compartilham o mesmo objetivo: trazer salvação às almas dos Akuma e impedir que o Conde destrua o mundo.