Alquimistas são indivíduos conhecedores e naturalmente talentosos que podem manipular e modificar a matéria por meio de sua arte. No entanto, apesar da ampla gama de possibilidades, a alquimia não é tão onipotente quanto a maioria acredita. A transmutação humana é estritamente proibida, e quem a tenta enfrenta consequências severas. Ainda assim, os irmãos Edward e Alphonse Elric decidem ignorar esse grande tabu e trazer sua mãe de volta à vida. Infelizmente, não apenas falham em ressuscitá-la, como também pagam um preço extremamente alto por sua arrogância: Edward perde sua perna esquerda e Alphonse perde todo o seu corpo. Além disso, Edward também sacrifica seu braço direito para selar a alma de seu irmão em uma armadura de metal.
Anos depois, os jovens alquimistas viajam pelo país em busca da Pedra Filosofal, na esperança de recuperar seus antigos corpos com seu poder. No entanto, sua busca pela pedra destinada também os leva a desvendar segredos muito mais sombrios do que poderiam jamais imaginar.