No ano 2086, Naunax, uma nave-mãe extraterrestre carregando 50 mil formas de vida que se autodenominam Simurians, aparece acima da Terra. Os Simurians possuem poderes semelhantes aos dos feiticeiros de jujutsu do Japão, e, portanto, todas as negociações diplomáticas são redirecionadas aos japoneses, encarregados de avaliar se a coexistência é possível.
Embora enfrentando um incidente de grau especial rivalizando com o ataque de Sukuna Ryoumen ocorrido 68 anos antes, a humanidade recebe os alienígenas — por enquanto. Temendo que esses seres poderosos possam declarar guerra, o Japão concorda que um emissário Simurian acompanhe os feiticeiros de jujutsu na escola e nas missões. Dois feiticeiros adolescentes — Yuuka e Tsurugi Okkotsu, irmãos e netos dos falecidos Yuuta Okkotsu e Maki Zenin — são escolhidos para formar equipe com Marulu “Maru” Val Vol Yelvori, um Simurian amigável de três olhos. Como ambos os lados ocultam informações cruciais, mas desejam uma harmonia futura, cabe a Yuuka, Tsurugi e Maru manter a frágil paz e evitar a destruição mútua.
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