Dois anos se passaram desde a invasão do CCG ao Anteiku. Embora a atmosfera em Tóquio tenha mudado drasticamente devido à crescente influência do CCG, os ghouls continuam a representar um problema, pois passaram a agir com mais cautela, especialmente a organização terrorista Aogiri Tree, que reconhece a crescente ameaça do CCG à sua existência.
A criação de uma equipe especial, conhecida como Esquadrão Quinx, pode fornecer ao CCG o impulso necessário para exterminar os habitantes indesejados de Tóquio. Como humanos que passaram por cirurgia para fazer uso das habilidades especiais dos ghouls, eles participam de operações para erradicar essas criaturas perigosas. O líder desse grupo, Haise Sasaki, é meio-ghoul, meio-humano, treinado pelo famoso investigador de classe especial Kishou Arima. No entanto, há mais nesse jovem do que parece, pois memórias desconhecidas arranham sua mente, lembrando-o lentamente da pessoa que ele costumava ser.
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